Grundsätzlich erfolgt der Unterricht in der Flexiblen Eingangsstufe und der Kombiklasse 3/4 nach dem regulären Lehrplan Plus für die Grundschulen in Bayern, der die Lernziele der Kinder für die erste und zweite sowie dritte und vierte Jahrgangsstufe in Zwei-Jahres-Blöcken zusammenfasst. Am Ende der Flexiblen Eingangsstufe und der Kombiklasse 3/4 verfügen die Kinder über den gleichen Wissensstand wie Kinder aus Regelklassen.

Fächer wie HSU, Musik und Kunst

Die Klasse wird immer gemeinsam unterrichtet. Das Material wird für die jüngeren Kindern jeweils auf ihren Wissens- und Lesestand angepasst. 

Fächer wie Sport und Werken und Gestalten

Es gibt in der ersten und zweiten Klasse Einheiten getrennt nach Jahrgangsstufen und wie im Sport aber auch eine gemeinsame Einheit pro Woche für jede Klasse.

Fächer wie Deutsch und Mathematik

Neben gemeinsamen Unterrichtseinheiten, die die unterschiedlichen Lernniveaus berücksichtigen, kommen auch eine Reihe von Differenzierungsstunden zum Tragen, insbesondere bei der Heranführung an neue Lerninhalte. 

Neugierig verfolgen die jüngeren Kinder dabei oft schon die nächste Lernstufe mit, behalten sich daraus erste Erkenntnisse und greifen diese im darauf folgenden Jahr wieder auf.

Informationen des Bayerischen Staatsministeriums für Unterricht und Kultus